A mikroszkópos gyökértömés és gyökérkezelés olyan speciális fogorvosi eljárás, amely során egy mikroszkóp segítségével nagyított képet kapunk a foggyökérről. Ez lehetővé teszi a precíz és részletes kezelést. A folyamat során eltávolítjuk a gyulladt vagy elhalt szöveteket a foggyökérből, majd kitisztítjuk és fertőtlenítjük azt. Ezt követően a gyökércsatornát speciális anyaggal tömjük be, hogy megakadályozzuk a további fertőzést. A mikroszkópos technika nagy pontosságot biztosít.

A mikroszkóp használata lehetővé teszi olyan idegen test eltávolítását is, amely nem szándékosan került egy gyökércsatornába (pl. beletört gyökérfúrófej)